【{$randkws}】通过基因和化石结合研究探寻水稻的起源 - {$web_name} 3K-RG项目再获新进展
经由基因和化石结合探究探寻水稻的起源（神秘的地球uux.cn报导）据光明网-时评频道（张田勘 科普专栏作家）：身为“绿色超级稻项目”的一若干，“全球3000份水稻核心种质资源重测序打算”（3K–RG）于2011年9月由中国农业科学院、海外水稻探究所（IRRI）和华大基因共同开启。2014年5月，3000份水稻基因组测序初始资料于“全球饥饿日”公开亮相于美国国立生物技术信息中心（NCBI）、日本生物信息学资料库（DDBJ）、最新短视频算法汇总华大基因大资料期刊（GigaScience）、阿里云等资料库，全球共享。
如今，3K-RG项目再获新进展。近期，海外顶级期刊《自然》（Nature）在线发表了绿色超级稻项目首席科学家、中国农业科学院作物科学探究所黎志康博士等人达成的新近成果，确认了水稻核心种质的春季解读英伟达，太真实了基因组遗传多样性，对水稻的起源、基因、分类和进化规律有了全新的更透彻的认知。
一个新的重大成果是重新夺回了中国对水稻命名的若干话语权，重启了历史的真实。1928年，日本学者加藤茂范经由杂交等手段察觉了籼稻和粳稻的区别。当时，加藤把籼稻称为“印度型”（Oryza sativa L. subsp. indica Kato），把日本栽培极广的粳稻称为“日本型”（Oryza sativa L. subsp. japonica Kato）。自此，籼稻和粳稻在海外上就一直沿用“indica”和“japonica”命名至今。
但是，中国科学家对代表了全球水稻种质约95%多样性的怦然心动，这才是真相核心种质的3010株水稻的基因组探究表明，这种命名并不符合实际状况，既是对籼、粳稻长久以来的误称，也不利于透彻知晓水稻的栽培历史和机理。
中国探究人员把过去探究的水稻品种由传统的5个群体增多到9个，分别是东亚（中国）的籼稻、南亚的籼稻、东南亚的籼稻和现代籼稻品种等4个籼稻群体，东南亚的温带粳稻、热带粳稻、亚热带粳稻等3个粳稻群体，以及来自印度和孟加拉的Aus和香稻。
依据探究结局，中国探究人员首次提出，清晨预测固态硬盘，看完瞬间懂了水稻的籼、粳亚种是独立的和多地起源，请求重启重启使用籼（Oryza sativa subsp. xian）、粳（Oryza sativa subsp. geng）亚种的正确命名。所谓重启是指，中国人早在2000多年前的汉代就已提出籼、粳稻的分类和命名。尽管这一正名受到加藤茂范等人过去命名的制约，但科研结局显然更能说服重视证据的《自然》记者及文章审稿人。也所以，这一颠倒的历史总算得到学术（科学）界的正名，为前方的海外民间正名奠定了基础。
中国探究人员对水稻起源探究的结局提出了一个重大的假说，即水稻的籼、粳亚种是独立的和多地起源。如同人类起源一直有着一地（非洲）起源和多区域起源的争论一样，水稻的起源也一直存在一地（中国）和多区域起源的争论。解决这种争论自然要靠科学探究的证据，而科学的证据首要在于实物（化石）和基因组两类证据缺一不可的共同证明。
在实物证据上，水稻的中国起源说一直有新证据。最近，中国科学院古脊椎动物与古人类探究所的植物考古学家使用植硅体确认方法，在位于浙江省龙游县的荷花山遗址中找到了距今1万多年前野生稻存在以及逐步被驯化的证据，从土壤剖面中提取的植硅体来自一些野生稻叶片和稻壳。其中，在稻叶的扇形植硅体上，可以清晰地看见一种转变的走向：年代越近，它们的数量越多、尺寸越大、鱼鳞状纹饰越多。
据此，探究人员再次认定，水稻的起源和驯化是在中国的长江中下游区域。水稻在中国使用种植后，不久传到东亚近邻全国。大约在3000多年前的殷周之交，中国水稻传至朝鲜、日本，南传越南。到了汉代，中国粳稻传到菲律宾。公元5世纪，水稻经伊朗传到西亚，然后经非洲传到欧洲、美洲以至全全球。
可是，这只是由实物证据获得的假说，并无基因组的证据扶持。如今，中国探究人员从基因组获得的证据则提出，不管是籼、粳稻亚种都是独立多地起源。探究人员对来自全球的3010株水稻的基因组测序后，一共测试到2900万个高品质单核苷酸多态性（SNP，首要指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引发的DNA序列多态性），240万个小片段插入缺失，首次察觉亚洲栽培稻品种间中存在9万个微细结构变异（含有易位、缺失、倒位和重复），另外察觉了1.2万个全长新基因和数千个不完整的新基因。
探究人员再次挑选出453份测序深度较高的水稻样本确认核心基因家族和分散式基因家族，获得12770个（62.1%）核心基因家族和9050个（37.9%）分散式基因家族，从而得出籼、粳稻亚种都是独立多地起源的假说。
显然，当下的基因组测序结论和实物（化石）结论有差异，所以需要前方对这两种证据开展整合，另外补充证据，才能得出更可靠和令人信服的结论。
中国探究人员的水稻基因组测序结局，另外对提升和保证粮食可靠起到了更为重大的加速作用。3010份品种的基因组测序达变成育种专家提供了一种选种和栽培优良稻种的可视地图，使其可以高效地挑选适合各异地理生态的品种，如耐淹、耐旱、抗虫、抗倒伏等特性，不用再像过去一样靠经验、靠众多组合去使用新品种。
水稻基因组测试结局也同样能纠正过去的一些片面认知，如觉得核心基因对产量、性状、口味等很重大，而分散式基因不重大。但基因测序察觉恰恰相反，核心基因不重大，分散式基因才重大，经由基因资料库就可以在短时间内确定哪些品种有什么特性。
所以，从本质上看，基因组测序不只能追溯水稻起源，更能纠正过去的失误认知，加速选种育种，满足人们对水稻品种的多样化需求。